Jedinečná poloha Japonska a komplex prírodných a klimatických faktorov viedli k absencii úrodnej pôdy na ostrovoch. Krajina nemá pozemnú komunikáciu s pevninou. V dôsledku dlhodobej izolácie sú niektoré zvieratá v Japonsku upravené tak, že sú klasifikované ako poddruhy.
Rastliny Japonských ostrovov
Asi 60% Japonska je zalesnených. Na ostrovoch je asi 2750 druhov rastlín, z ktorých 168 je stromovitých. Napriek kompaktnej rozlohe územia je klíma krajiny rôznorodá. Na ostrovoch sa zaznamenávajú rastlinné druhy charakteristické pre trópy, subtropické oblasti a mierne šírky.
Rastliny a zvieratá Japonska sa dlho vyvíjali izolovane od pevniny. To viedlo k určitým rozdielom vo vývoji druhov.
Tropická a subtropická vegetácia
Tropické dažďové pralesy sú typické pre Ryukyuské ostrovy. Zo stromových foriem sú bežné: palmy, cycad, ficus atď. V horských oblastiach sa nachádza borovica a jedľa. Na ostrovoch je veľa viníc a epifytov, medzi ktorými prevláda paprade. O. Yaku je známy tým, že má zachované stromy staré asi 2 000 rokov. Majú dĺžku do 50 ma priemer kmeňa do 5 m.
Pobrežie mora okolo. Kyushu tiež zaberá tropickú vegetáciu. Na tomto ostrove sa nachádzajú lesy subtropických stromov až do výšky 1 km. Rovnakí predstavitelia flóry sú typickí pre Shikoku a Honshu (južná časť). Dominantnými druhmi sú vždy zelené duby, cyprusy, borovice, arborvitae a ďalšie endemické druhy. V podrastoch sa dajú rozlíšiť magnólie a azalky. V staroveku bola južná časť japonských ostrovov obsadená vavrínovými lesmi, v ktorých rástol hlavne gáforský vavrín, čajové kríky a japonská kamélia. V súčasnosti sú tieto lesné spoločenstvá už len okolo. Honšú. Druhové zloženie v nich sa trochu zmenilo. V subtropickej zóne sa na niektorých miestach nachádzajú háje bambusové a ginkgo.
Listnaté lesy
Severná časť asi. Honšú a južná polovica p. Hokkaido je obsadené týmito lesmi. Dominujú v nich duby, buk, gaštany, javor, lipa, jaseň, hrab a ďalšie dreviny. Svahy hôr sú pásmom listnatých a ihličnatých lesov. Tie sú zastúpené kryptomériou, tsuga, tisom atď.
Asi o. Hokkaido v nadmorskej výške 0, 5 km nad morom je táto rastlinná komunita nahradená jedľovým smrekom s prímesou bambusu. Časť horských vrcholov sa nachádza mimo lesnej zóny. Zaberajú ich špeciálne rastlinné spoločenstvá, medzi ktoré patrí cédrový elfín, rododendron, vres atď.
Antropogénny vplyv na flóru a faunu Japonska je pomerne veľký z dôvodu obmedzeného územia a husto obývaných oblastí. Rovinné lesy sa redukujú a na ich mieste sa vytvára poľnohospodárska pôda.
